{"id":5531,"date":"2023-09-21T11:14:58","date_gmt":"2023-09-21T14:14:58","guid":{"rendered":"https:\/\/allumiqs.com\/analyse-de-proteines\/"},"modified":"2023-10-16T15:46:30","modified_gmt":"2023-10-16T18:46:30","slug":"analyse-de-proteines","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/allumiqs.com\/fr\/analyse-de-proteines\/","title":{"rendered":"Analyse de prot\u00e9ines"},"content":{"rendered":"\n
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Comp\u00e9tences<\/h1>\n\n\n\n

Analyse de prot\u00e9ines<\/p>\n\n\n\n

La pr\u00e9cision, la sensibilit\u00e9 et la rapidit\u00e9 des spectrom\u00e8tres de masse modernes ont constitu\u00e9 une perc\u00e9e dans le domaine de la prot\u00e9omique. Chez Allumiqs, notre \u00e9quipe d’experts effectuera une gamme compl\u00e8te d’analyses allant de l’identification et de la caract\u00e9risation \u00e0 la cartographie et \u00e0 la quantification et fournira \u00e0 nos clients des donn\u00e9es significatives.<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n\n

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Identification des prot\u00e9ines<\/h3>\n\n\n\n

Identifier votre prot\u00e9ine d’int\u00e9r\u00eat par LC-MS\/MS<\/h2>\n\n\n\n

Nous avons optimis\u00e9 notre workflow pour l’identification des prot\u00e9ines afin de fournir des solutions rapides et efficaces compatibles avec la digestion en gel des prot\u00e9ines color\u00e9es au nitrate d’argent ou au bleu de Coomassie, ainsi que pour les prot\u00e9ines en solution.<\/p>\n\n\n\n

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Parlons de l’identification des prot\u00e9ines<\/a><\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div><\/div>\n\n
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Workflow d’identification des prot\u00e9ines sur gel<\/h2>\n\n\n\n
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Pr\u00e9paration d’\u00e9chantillons –><\/h3>\n\n\n\n

Tout d’abord, nous lavons les morceaux de gel avec des cycles successifs de d\u00e9shydratation\/r\u00e9hydratation dans des solutions compatibles avec la spectrom\u00e9trie de masse. Dans une deuxi\u00e8me \u00e9tape, nous rompons les ponts S-S intra- et inter-prot\u00e9ines \u00e0 l’aide d’un agent r\u00e9ducteur et bloquons les cyst\u00e9ines libres par alkylation. Les prot\u00e9ines r\u00e9duites sont ensuite dig\u00e9r\u00e9es directement dans le gel \u00e0 l’aide d’une prot\u00e9ase qui clive les r\u00e9sidus connus. Apr\u00e8s la digestion, nous extrayons les peptides r\u00e9sultants du gel par des cycles successifs de d\u00e9shydratation et de sonication. Enfin, ces peptides sont purifi\u00e9s \u00e0 l’aide d’une SPE (extraction en phase solide) en phase invers\u00e9e et inject\u00e9s dans le spectrom\u00e8tre de masse.<\/p>\n\n\n\n

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Analyse LC-MS\/MS –><\/h3>\n\n\n\n

Avant d’\u00eatre analys\u00e9s par spectrom\u00e9trie de masse, les peptides sont s\u00e9par\u00e9s \u00e0 l’aide d’un syst\u00e8me de chromatographie liquide en phase invers\u00e9e directement reli\u00e9 au spectrom\u00e8tre de masse. Une s\u00e9paration suppl\u00e9mentaire permet une analyse approfondie des \u00e9chantillons complexes et augmente la pr\u00e9cision quantitative et qualitative. Une fois dans le spectrom\u00e8tre de masse, les peptides sont fragment\u00e9s et les signaux sont enregistr\u00e9s par l’instrument \u00e0 l’aide d’une m\u00e9thode d’acquisition appel\u00e9e acquisition d\u00e9pendante des donn\u00e9es (DDA), \u00e9galement connue sous le nom de mode d’acquisition d\u00e9pendant de l’information (IDA). Le processus produit une liste de masses de pr\u00e9curseurs (MS) et de masses de fragments (MS\/MS) en vue d’une analyse ult\u00e9rieure.<\/p>\n\n\n\n

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Analyse des donn\u00e9es et Identification des prot\u00e9ines<\/h3>\n\n\n\n

Pour obtenir l’identit\u00e9 des prot\u00e9ines pr\u00e9sentes dans l’\u00e9chantillon, nous chargeons les donn\u00e9es dans un logiciel d’identification des prot\u00e9ines. Ce logiciel associe la liste des masses enregistr\u00e9es \u00e0 une liste de peptides et les attribue \u00e0 une ou plusieurs prot\u00e9ines. Il convient de noter que ce processus signale \u00e9galement toute modification post-translationnelle, modification chimique ou substitution d’acide amin\u00e9 susceptible d’\u00eatre enregistr\u00e9e.<\/p>\n\n\n\n

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Cartographie des peptides<\/h3>\n\n\n\n

D\u00e9coder les empreintes de prot\u00e9ines<\/h2>\n\n\n\n

La cartographie des peptides est utilis\u00e9e pour confirmer la s\u00e9quence d’une prot\u00e9ine. Apr\u00e8s digestion par une prot\u00e9ase, les peptides sont s\u00e9par\u00e9s sur un syst\u00e8me de chromatographie liquide et analys\u00e9s par spectrom\u00e9trie de masse. La prot\u00e9ase de choix pour r\u00e9aliser la cartographie peptidique est la trypsine, car son activit\u00e9 est hautement pr\u00e9visible et reproductible. <\/p>\n\n\n\n

La cartographie des peptides est utilis\u00e9e pour confirmer la s\u00e9quence d’une prot\u00e9ine. Apr\u00e8s digestion par une prot\u00e9ase, les peptides sont s\u00e9par\u00e9s sur un syst\u00e8me de chromatographie liquide et analys\u00e9s par spectrom\u00e9trie de masse. La prot\u00e9ase de choix pour r\u00e9aliser la cartographie peptidique est la trypsine, car son activit\u00e9 est hautement pr\u00e9visible et reproductible. <\/p>\n<\/div>\n<\/div>

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Workflow de cartographie des peptides<\/h2>\n\n\n\n
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Digestion In silico<\/mark><\/h3>\n\n\n\n

La premi\u00e8re \u00e9tape de la confirmation de la s\u00e9quence compl\u00e8te des acides amin\u00e9s d’une prot\u00e9ine par spectrom\u00e9trie de masse consiste \u00e0 la d\u00e9couper en peptides plus petits \u00e0 l’aide d’une prot\u00e9ase. L’enzyme de choix pour de nombreux workflows prot\u00e9omiques est la trypsine, car elle coupe de mani\u00e8re fiable chaque r\u00e9sidu de lysine et d’arginine (\u00e0 quelques exceptions pr\u00e8s). Cependant, pour certaines parties de votre prot\u00e9ine, une digestion tryptique peut produire des peptides trop petits ou trop grands pour \u00eatre correctement d\u00e9tect\u00e9s par la machine. Il en r\u00e9sulterait un manque d’informations sur la s\u00e9quence de ces parties, ce qui n’est pas souhaitable pour une exp\u00e9rience de cartographie peptidique. Pour \u00e9viter cela, nos experts proc\u00e9deront d’abord \u00e0 une digestion in silico<\/em> de votre prot\u00e9ine d’int\u00e9r\u00eat afin de d\u00e9terminer quelle combinaison de prot\u00e9ases produirait des peptides qui, une fois fusionn\u00e9s de mani\u00e8re bio-informatique, couvriraient 100 % de la s\u00e9quence. Nous obtenons g\u00e9n\u00e9ralement une couverture compl\u00e8te avec une combinaison de deux ou trois prot\u00e9ases diff\u00e9rentes.<\/p>\n<\/div>\n\n\n\n

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Digestion et LC-MS\/MS<\/mark><\/h3>\n\n\n\n

Une fois le choix des prot\u00e9ases effectu\u00e9, nous r\u00e9aliserons la digestion r\u00e9elle de votre prot\u00e9ine en laboratoire. Les peptides r\u00e9sultant de chaque digestion seront analys\u00e9s sur un gradient LC-MS\/MS court en utilisant un workflow d’acquisition d\u00e9pendant des donn\u00e9es.<\/p>\n\n\n\n

Analyse de donn\u00e9es<\/mark><\/h3>\n\n\n\n

Un logiciel d’identification des prot\u00e9ines associera d’abord les donn\u00e9es enregistr\u00e9es \u00e0 une s\u00e9quence peptidique pour chaque prot\u00e9ase. Il en r\u00e9sultera une liste de zones couvertes par des peptides dans chaque prot\u00e9ase individuelle. Enfin, nous regroupons et alignons chaque peptide confirm\u00e9 de chaque digestion sur la s\u00e9quence th\u00e9orique de la prot\u00e9ine pour obtenir la cartographie peptidique finale.<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n\n

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Nos comp\u00e9tences en mati\u00e8re d’omique<\/h2>\n\n\n\n
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Prot\u00e9omique<\/h3>\n\n\n\n

Obtenez des donn\u00e9es quantitatives pour jusqu’\u00e0 6500 prot\u00e9ines dans vos \u00e9chantillons gr\u00e2ce \u00e0 notre workflow de prot\u00e9omique quantitative sans \u00e9tiquette.<\/p>\n\n\n\n

En<\/a> savoir<\/a> plus<\/a><\/p>\n<\/div>\n\n\n\n

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Lipidomique<\/h3>\n\n\n\n

Obtenez un profilage approfondi de nombreuses classes de lipides biologiquement importants gr\u00e2ce \u00e0 nos instruments \u00e0 haute r\u00e9solution.<\/p>\n\n\n\n

En savoir plus<\/a><\/p>\n<\/div>\n\n\n\n

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M\u00e9tabolomique<\/h3>\n\n\n\n

La meilleure technique consiste \u00e0 \u00e9tablir le profil de l’\u00e9chantillon en utilisant la m\u00e9tabolomique non cibl\u00e9e ou des panels s\u00e9lectionn\u00e9s de m\u00e9tabolites cibl\u00e9s.<\/p>\n\n\n\n

En savoir plus<\/a><\/p>\n<\/div>\n\n\n\n

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Analyse de donn\u00e9es<\/h3>\n\n\n\n

Nous aidons nos clients \u00e0 exploiter la valeur et le potentiel de leurs donn\u00e9es en leur fournissant des informations plus claires et plus approfondies.<\/p>\n\n\n\n

En savoir plus<\/a><\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n\n

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Entrez en contact<\/h5>\n\n\n\n

Communiquez avec nos experts<\/h2>\n\n\n\n