Éviter les contaminants de Peg

par Victoria Miller, Scientifique Sénior

Les résultats de la spectroscopie de masse peuvent être compromis de nombreuses façons ; tout, depuis les détergents utilisés pendant l’extraction et la solubilisation jusqu’aux qualités chimiques des solvants utilisés pendant l’analyse, peut avoir un impact sur les résultats.

Le polyéthylène glycol ou PEG fait partie de ces contaminants qui peuvent vous surprendre de manière inattendue. La seule « bonne » chose à propos d’une contamination par le PEG, c’est que lorsqu’elle est présente, vous savez de quoi il s’agit. Cette répétition de +44 Da n’est pas ce que l’on veut voir dans un chromatogramme, sauf bien sûr si l’on étudie le PEG !

Le problème avec le PEG, c’est qu’on peut le trouver à peu près partout ! Lorsque j’ai commencé à me familiariser avec la préparation des échantillons dans le monde de la spectrométrie de masse, je n’avais aucune idée de la facilité avec laquelle le PEG pouvait s’introduire dans votre échantillon. Voici un résumé des informations que j’ai pu glaner sur Internet. Il existe une pléthore de bons conseils sur le web, émanant de personnes plus expérimentées que moi dans le domaine de la spectrométrie de masse, et j’espère que mon résumé vous aidera à progresser dans votre parcours en spectrométrie de masse.

Les solvants utilisés pour l’analyse constituent une source potentielle de PEG. Ne stockez pas (ou n’achetez pas !) de solvants dans des bouteilles en plastique pour l’analyse par spectrométrie de masse. Les PEG et autres plastifiants peuvent être lessivés dans le solvant et apparaître dans votre chromatogramme. La même règle s’applique aux bouteilles utilisées pour charger les solvants dans le LC-MS : là encore, n’utilisez pas de bouteilles en plastique et, plus important encore, lorsque vous lavez la verrerie pour mesurer, mélanger et stocker vos solvants, n’utilisez pas de détergent contenant des PEG ou, à tout le moins, rincez la verrerie à l’eau très chaude, puis à l’aide d’un solvant organique avant de l’utiliser.

Le Triton X-100 et le NP-40 (et ses substituts) sont des détergents PEGylés qui doivent être évités lors de l’extraction des protéines. Nous sommes convaincus que nous pouvons éliminer le SDS de votre échantillon et nous vous encourageons à voir ce que le SDS peut faire pour votre protocole d’extraction.

Le PEG peut entrer dans votre workflow à de nombreuses étapes. Les unités de filtration des seringues peuvent en être la source, de même que toute membrane utilisée pour la concentration. Si vous vous méfiez de vos membranes, rincez-les 2 ou 3 fois avec de l’eau déionisée pour éliminer ces contaminants. Certaines pointes de pipette et certains tubes de microfuge peuvent libérer du PEG, en particulier s’ils sont utilisés pour des solvants agressifs. De nombreux articles de soins personnels, y compris les crèmes pour les mains, contiennent du PEG, ne serait-ce qu’à l’état de traces. Veillez à porter des gants lorsque vous manipulez quoi que ce soit qui se trouve à proximité de vos échantillons. Envisagez d’avoir de la verrerie dédiée uniquement à la préparation des solvants de spectrométrie de masse. Si vous effectuez une digestion en gel, prévoyez un ensemble de boîtes de coloration de gel uniquement pour les expériences de spectrométrie de masse. Cela permettra également d’éviter la contamination par la kératine.

Ici, au laboratoire de R&D de Proteoform Scientific, nous travaillons sur une adaptation du ProTrap XG qui pourrait être utile pour l’élimination des PEG. Si vous souhaitez en savoir plus, écrivez-moi à vmiller@allumiqs.com.