Précipitation à haut débit avec le ProTrap HT

Par Jessica Nickerson, R&D Scientist chez Allumiqs

La protéomique évolue rapidement, tout comme les outils de préparation d’échantillons qui soutiennent nos workflows. Chez Allumiqs, nous nous engageons à aider les chercheurs à réimaginer les workflows basés sur la précipitation en solvant organique afin de permettre une récupération maximale et un épuisement des tensioactifs pour une récupération robuste d’un échantillon de protéome. Dans des articles précédents, nous avons parlé du développement de la cartouche de filtration ProTrap XG par le groupe de recherche du Dr Alan Doucette (je suis un ancien membre de ce groupe) pour faciliter et simplifier la précipitation des protéines à l’aide de solvants organiques. Alors que nos recherches au laboratoire Doucette ont accéléré l’étape critique de la précipitation, l’équipe produit d’Allumiqs élève maintenant nos outils de préparation d’échantillons avec la nouvelle plaque filtrante ProTrap HT afin de répondre aux besoins des clients pour les préparations de routine et à grande échelle qui exigent des réductions supplémentaires dans la manipulation des échantillons et des workflows semi-automatisés et entièrement automatisés.

Préparation d’échantillons mains libres !

Nous sommes ravis d’appliquer nos méthodologies à un nouveau format à haut débit avec nos plaques filtrantes à 96 puits et d’équiper nos clients avec ce nouveau niveau de préparation d’échantillons. Alors que la cartouche d’essorage permettait d’isoler le culot protéique sans aucune difficulté technique, la nouvelle plaque filtrante permet une automatisation complète, minimisant ainsi les variabilités techniques associées à la préparation des échantillons. La plaque filtrante est très polyvalente et compatible avec les workflows courants de l’A200. Les protéines précipitées sont récupérées soit par centrifugation, soit par pression positive ou négative, ce qui permet une digestion ultérieure sur membrane. Nos études de validation rigoureuses, menées par nos équipes de produits et de services de spectrométrie de masse, ont démontré que la configuration de la plaque filtrante permet la même récupération quantitative, le même appauvrissement en tensioactifs et la même reproductibilité globale que le format original de la cartouche d’essorage.

Jusqu’où pouvons-nous descendre ?

Notre équipe a entrepris d’optimiser les protocoles de traitement d’environ 50 µg de matériel de départ, y compris un workflow personnalisé et un kit de réactifs pour la préparation du sérum/plasma. Une fois ce niveau atteint, nous avons récemment commencé à étudier jusqu’à quel niveau il est possible de descendre, en démontrant les performances de la plaque filtrante pour le traitement d’échantillons dilués ou limités en volume.

Les résultats d’une préparation ascendante d’une lignée de cellules mononucléaires humaines ont montré la quantification de 16 000 à 20 000 peptides et de 2 500 à 3 000 protéines par SWATH MS à partir de seulement 2 à 10 µg de protéines. Une comparaison directe entre la plaque filtrante et un flacon conventionnel a été effectuée sur de faibles quantités initiales de CSF. L’analyse par SWATH MS ascendante a montré qu’une préparation automatisée de seulement 1 µg de protéine initiale dans la plaque filtrante à haut débit correspondait à la précision quantitative d’un workflow de précipitation manuelle tout en augmentant la couverture du protéome.

Nous vous en dirons plus à l’ASMS 2023 à Houston, où nous présenterons un nouveau poster sur d’autres de nos découvertes concernant les faibles quantités de matières premières. J’espère vous y voir !

D’ici là, je serais heureux de discuter avec vous de la mise en œuvre de la nouvelle plaque filtrante dans votre workflow. Contactez-moi à tout moment à l’adresse suivante: jnickerson@allumiqs.com

Nous souhaitons collaborer avec des clients comme vous pour faire avancer vos objectifs de recherche. Il se peut que vous ayez besoin de protocoles personnalisés et notre équipe serait heureuse de travailler avec vous sur ce type d’initiative.

Plus d’informations sur le ProTrap HT ⬇️

Pour une flexibilité maximale, nous proposons nos plaques à 96 puits dans ces configurations d’emballage :