Comparaison des stratégies de préparation d’échantillons à base de cartouches et de billes

Comparaison des stratégies de préparation d’échantillons à base de cartouches et de billes pour l’analyse ascendante du protéome d’échantillons contenant des détergents

Jessica L. Nickerson¹ , Kent MacLean² , Alan A. Doucette¹

¹Chemistry, Dalhousie University, Halifax, NS, Canada ²Proteoform Scientific*, Halifax, NS, Canada

Introduction

Les détergents, y compris le dodécylsulfate de sodium (SDS), sont de plus en plus acceptés dans les workflows de protéomique. Ceci est dû à une liste croissante d’approches semi-automatiques, conçues pour purifier et digérer efficacement les mélanges de protéines avant l’analyse LC-MS/MS. Depuis l’avènement de la préparation d’échantillons assistée par filtre (FASP) en tant que format de cartouche qui simplifie l’élimination du SDS et la digestion des protéines, de nombreuses autres stratégies ont été rapportées, permettant l’acquisition par MS des digestions peptidiques qui en résultent. ¹ Parmi les technologies basées sur des cartouches et des billes, on peut citer Suspension Trapping S-Trap, in-StageTip (iST), Single-Pot, Solid-Phase-Enhanced Sample Preparation (SP3), et le ProTrap XG, qui ont tous fait état d’une acquisition réussie de listes de peptides à partir d’échantillons contenant du SDS. ^1,2,3,4,5 Nous évaluons ici directement les performances de ces stratégies de préparation d’échantillons en examinant quatre chiffres de mérite spécifiques : la récupération des protéines/peptides, la pureté de l’échantillon telle que jugée par le niveau résiduel de SDS, l’efficacité de la digestion des protéines et le débit de l’échantillon/la durée du processus.

*Proteoform Scientific est désormais Allumiqs.