Protéomique – Protéomique et biologie des systèmes

Déplétion SDS sur membrane en amont de l’analyse des peptides et des protéines par spectrométrie de masse

Par Nicole Unterlander & Alan A. Doucette

Le SDS interfère avec les analyses de spectrométrie de masse ascendante et descendante, et doit être éliminé avant la détection. La préparation d’échantillons assistée par filtre (FASP) est privilégiée pour la protéomique ascendante (BUP) tandis que la précipitation à l’acétone est populaire pour la protéomique descendante (TDP). Nous avons récemment démontré la précipitation à l’acétone dans une cartouche filtrante à membrane. Par ailleurs, notre dispositif électrophorétique automatisé, appelé électrophorèse transmembranaire (TME), épuise le SDS pour les études TDP et BUP. Ici, la TME est comparée à ces deux méthodes alternatives de déplétion SDS dans les workflows BUP et TDP. Pour ce faire, une méthode FASP modifiée est décrite, applicable à la purification SDS et à la récupération de protéines intactes, adaptées à la LC/MS. Les trois méthodes éliminent de manière fiable >99,8 % de SDS. Les TME fournissent des rendements d’échantillons plus élevés (90% en moyenne) que la FASP (55%) ou la précipitation à l’acétone (57%), ce qui se traduit par des identifications totales de protéines plus élevées (973 contre 877 pour la FASP ou 890 pour l’acétone) et des correspondances spectrales plus élevées (2,5 fois) par protéine. Dans un workflow top down, chaque méthode de déplétion du SDS produit des spectrométries MS de haute qualité pour les protéines intactes. Ces résultats montrent que chacune de ces stratégies basées sur des membranes est capable d’éliminer le SDS avec une récupération élevée des échantillons et des spectres de haute qualité pour les études BUP et TDP.