Séparation du SDS sur membrane avant l’analyse des peptides et des protéines

Séparation SDS sur membrane en amont de l’analyse des peptides et des protéines par spectrométrie de masse

Nicole Unterlander, Alan A. Doucette
Département de chimie, Dalhousie University

Introduction

Le SDS interfère avec les analyses MS ascendantes et descendantes et doit être éliminé avant la détection (1). Pour la protéomique ascendante (BUP), une méthode de déplétion populaire est le FASP, mais les pertes d’échantillons peuvent souvent être de 50 % ou plus (2,3). La précipitation à l’acétone est privilégiée pour la protéomique descendante (TDP), dont nous avons montré qu’elle pouvait être réalisée à l’intérieur d’une cartouche filtrante à membrane centrifuge pour améliorer la reproductibilité (4). Notre groupe a récemment introduit une méthode de purification électrophorétique appelée électrophorèse transmembranaire (TME) comme stratégie de déplétion alternative pour les études BUP et TDP (Figure 1) (5). Nous comparons ici l’efficacité de la TME par rapport à ces deux méthodes populaires de déplétion SDS.