Journal of Proteome Research

Déplétion SDS automatisée pour la spectrométrie de masse des protéines membranaires intactes après électrophorèse transmembranaire

par Carolyn Kachuk, Melissa Faulkner, Fang Liu & Alan A. Doucette

Les protéines membranaires sont sous-représentées dans les plates-formes d’analyse du protéome en raison de leur caractère hydrophobe, qui contribue à réduire leur solubilité. Le sulfate de sodium dodécyle est un dénaturant privilégié dans les workflows protéomiques, facilitant la lyse cellulaire et la dissolution des protéines ; cependant, le SDS entrave la détection MS et doit donc être éliminé avant l’analyse. Bien qu’il existe des stratégies d’élimination du SDS, elles ne permettent qu’une faible récupération, pureté ou reproductibilité. Nous présentons ici un dispositif automatisé simple, appelé électrophorèse transmembranaire (ETM), qui incorpore les principes de la filtration membranaire, mais avec un courant électrique appliqué pour assurer l’élimination quasi complète (99,9 %) du surfactant, y compris du SDS lié aux protéines. Les protéines intactes sont récupérées en phase de solution avec un rendement élevé (90-100%) dans l’heure qui suit l’opération. La stratégie est appliquée à des standards de protéines et à des mélanges de protéomes, y compris une fraction membranaire enrichie d’E. coli, ce qui permet d’obtenir des spectres MS de qualité exempts d’adduits SDS. La plateforme TME est applicable à la fois à l’analyse MS/MS ascendante et à l’analyse LC-ESI-MS de protéines intactes. Les fractions appauvries en SDS révèlent un nombre similaire d’identifications de protéines (285) par rapport à un contrôle sans SDS (280), avec une forte corrélation en termes de nombre de spectres de protéines. Cette approche entièrement automatisée de l’élimination des SDS constitue un outil viable pour le traitement des échantillons de protéomes avant l’analyse par SM. Les données sont disponibles via ProteomeXchange, identifiant PXD003941.